Cara, o universo de Gloomhaven vai mudando a medida que vc avança. A cidade prospera, personagens morrem ou não, eventos ocorrem, novos cenários são liberados... seria bastante difícil e ruim vc gerenciar dois universos completamente separados.
Por outro lado, Gloomhaven não exige que vc faça todos os cenários com as mesmas pessoas. Um amigo faltou? Ok, ajusta o cenário pra um jogador a menos. Veio um amigo novo? Pega um personagem que não está sendo usado e dá pra ele pilotar.
Obviamente existem alguns prejuízos em fazer isso. Talvez os personagens estarão em níveis diferentes (coisa que naturalmente vai acontecer mesmo com grupo fixo); talvez algum amigo não esteja presente na hora de uma decisão importante da narrativa.
Em resumo: vc pode tranquilamente jogar com diferentes grupos e pessoas, mas idealmente todos vão compartilhar o mesmo universo.