Quando jogamos aqui tivemos a mesma dúvida. A priori, atentamos ao contexto: os vítreos são consequência da evolução da doença C0dA. Assim, não existia mais a doença comum (aqui citada a amarela). Na prática, é como tivesse sido comandado destruir os cubos da doença inicial. No lugar deles, só existiram (a partir dessa evolução) as miniaturas de vítreos, colocados em jogo conforme as regras estabelecidas.
Ao chegar outubro, com a possibilidade de vacinar cidades, aquelas vacinadas que eram da cor da doença que evoluiu para C0dA não teriam mais a infestação dessa doença . Ou seja, se fosse retirada uma carta amarela, no baralho de infestação, nada ocorreria. No entanto, se houver surto de alguma outra doença , numa cidade vizinha, aí podem ocorrer infestações de outras doenças, sendo nessa cidade vacinada colocados cubos daquela doença. Caso uma cidade de outra cor, diferente da original da C0dA, que tivesse se tornado vítrea e foi vacinada, nela não mais entrava vítreos, mas em caso de infestação ou surto, entravam seus cubos normalmente.
O manual não deixa isso totalmente claro mesmo.
Buscando por informações, na época q chegamos em outubro, encontramos várias postagens com essa dúvida e numa delas (não achei agora p indicar) havia um comentário oficial indicando isso que fizemos.