1 - Jogando solo eu devo pegar uma copia de uma aranha e mais a cria, ou posso pegar a cria somente
Não só pode como deve, a não ser que você deseje um jogo mais desafiador.
2 - Se a cria já estiver na mesa eu devo pegar uma copia de outra aranha?
Sim.
3 - Se eu já tiver encontrado a cria no cenário anterior e já tiver derrotado a mesma, tenho que pega-la e derrota-la novamente, ou posso puxar qualquer carta de aranha já que já a derrotei?
Você deve derrota-la novamente. Inclusive se você estiver, por exemplo, avançado um pouco na etapa 2B e ela aparecer, é interessante não destruí-la logo justamente para aguardar saber qual carta de etapa você enfrentará na etapa 3.