Sim, pode fazer isso sem problemas.

Essa dúvida foi respondida em um tópico também no BGG.

Abraços

Edit: Agora que entendi que eram duas federações já criadas. No BGG o tópico se referia a uma federação e outras estruturas conectadas via planeta escuro. Em princípio acredito ser possível visto que o manual permite"expandir" uma federação já criada sem fazer surgir uma nova.

Henriquelinares::Tendo em vista que a pontuação final do jogo é  *Construir o maior número de estruturas que são parte de uma Aliança (incluindo o Planeta Escuro).  Eu posso usar o Planeta escuro para conectar 2 alianças e contar as estruturas das duas Alianças ? 

Só um detalhe que se perdeu na tradução do jogo e muitos confundem como funciona essa pontuação final.
Leia-se o seguinte: "Maior número de estruturas em Alianças"
Dessa forma, cada aliança que vc tem contribui com suas estruturas para essa pontuação. Do jeito que está escrito parece que seria que vc pegaria a sua maior federação e o número de estruturas que ela tem que importa, mas não é isso.
Nesse sentido, a resposta anterior do @edeodato faz sentido, pois vc pode usar o plante escuro, ou outras construções, para aumentar uma Aliança anterior.
Se a pontuação for utilizada na interpretação errada, a raça dos Ivits (vermelha) sempre ganharia essa pontuação

papessoa::

Henriquelinares::Tendo em vista que a pontuação final do jogo é  *Construir o maior número de estruturas que são parte de uma Aliança (incluindo o Planeta Escuro).  Eu posso usar o Planeta escuro para conectar 2 alianças e contar as estruturas das duas Alianças ? 

Só um detalhe que se perdeu na tradução do jogo e muitos confundem como funciona essa pontuação final.
Leia-se o seguinte: "Maior número de estruturas em Alianças"
Dessa forma, cada aliança que vc tem contribui com suas estruturas para essa pontuação. Do jeito que está escrito parece que seria que vc pegaria a sua maior federação e o número de estruturas que ela tem que importa, mas não é isso.
Nesse sentido, a resposta anterior do @edeodato faz sentido, pois vc pode usar o plante escuro, ou outras construções, para aumentar um Aliança anterior.
Se a pontuação for utilizada na interpretação, a raça dos Ivits (vermelha) sempre ganharia essa pontuação

 Eita, não tinha percebido esse detalhe. Agora faz todo sentido. Realmente não tem lógica ser de apenas uma aliança. Obrigado pelo esclarecimento. 

papessoa::

Henriquelinares::Tendo em vista que a pontuação final do jogo é  *Construir o maior número de estruturas que são parte de uma Aliança (incluindo o Planeta Escuro).  Eu posso usar o Planeta escuro para conectar 2 alianças e contar as estruturas das duas Alianças ? 

Só um detalhe que se perdeu na tradução do jogo e muitos confundem como funciona essa pontuação final.
Leia-se o seguinte: "Maior número de estruturas em Alianças"
Dessa forma, cada aliança que vc tem contribui com suas estruturas para essa pontuação. Do jeito que está escrito parece que seria que vc pegaria a sua maior federação e o número de estruturas que ela tem que importa, mas não é isso.
Nesse sentido, a resposta anterior do @edeodato faz sentido, pois vc pode usar o plante escuro, ou outras construções, para aumentar um Aliança anterior.
Se a pontuação for utilizada na interpretação, a raça dos Ivits (vermelha) sempre ganharia essa pontuação

Cacete, agora tudo faz sentido rapaz!
Que mer$# do car@#$# essas traduções! Impossível viver sem o manual original junto.
Abraços!

Eu fico me perguntando qual é a grande dificuldade que as editoras brasileiras tem em traduzir corretamente!

E não estou falando de expressões coloquiais com traduções diversas, dificuldades de interpretação.

A porcaria do manual em inglês fala FederationS, com um S gigante no final. A tradução vira, e já cagando, Aliança, sem o maldito S.

Você pagar caro em um produto que não possui o maldito manual escrito corretamente é uma piada! É como se eu comprasse uma máquina de lavar com o manual de um fogão.

Muito difícil esse hobby nosso por essas bandas.

Abraços!

Eita, também não tinha me ligado nisso...

Também estava com uma dúvida em jogo com dois jogadores, dai vimos que o jogador "fantasma" tinha 10 estruturas.
Realmente não faz sentido se de apenar uma só aliança.