Você seleciona dois animais de seu oponente, remova essas espécies de animais pelas suas, se remover dois cubos dos seus oponentes, colocará dois cubos seus em qualquer lugar do mapa [uma espécie equivale a um cubo]. Em suma, sim, é uma substituição e, como na carta não restringe e nem diz se isso deve ser feito em somente um tile, eu assumo a interpretação que pode colocar em 2.
Salvo engano, na sua segunda dúvida, se estiver falando da carta Era do Gelo, ela é sempre colocada no fundo do baralho.
As vezes, quando jogava e para talvez dar um pouquinho mais de rapidez ao jogo, eu pegava 5 cartas aleatórias e embaralhava junto com a carta era de gelo, e as colocava sem as ver no fundo do baralho de cartas. Porém, se tratando da regra oficial do jogo, ela vai no fundo do baralho.