Pela regra deve-se trocar certas cartas pelas versões da expansão (o manual de cada expansão diz especificamente quais cartas trocar), mantendo o total de cartas de upgrade de cada nível igual (24), para que cada Guilda receba 6 durante a fase de compras e faça o draft corretamente, ao mesmo tempo que mantém o equilíbrio entre as cartas disponíveis.

Mas nada impede que você mesmo faça essa troca, escolhendo quais cartas manter e quais remover, ou até mesmo colocar todas juntas (sempre atentando para que o total de cartas seja uma quantidade igualmente divisível entre os jogadores, pra evitar confusão ^^') e deixar que cada jogador escolha o que melhor lhe convir.

Eu costumo jogar usando essa última opção. Pela própria vantagem que traz, e pela comodidade também.