Vamos tentar resolver suas dúvidas.
Aparentemente sua dúvida principal é a funcionalidade de "estabelecer o controle com os power tokens.
Quando você dá uma ordem de marcha e retira todas suas unidades do local, você pode deixar para trás um power token para mostrar que você controla a área, mesmo não tendo unidades lá.
Em qualquer situação que peça para que você verifique os territórios que você controla (número de castelos, cartas de Westeros "Game of thrones" ou "Suprimentos", por exemplo), os territórios com seus power tokens contam. Mas vamos detalhar as três dúvidas sobre isso pra exemplificar melhor.
1º Quando sai a carta Game of Thrones, ela pede para os jogadores contarem o número de coroas impressas em seus territórios e ganham um power tokem por cara coroa. Então você conta as coroas nos território com unidades e power tokens seus e ganha esse número de power tokens.
4º Quando sai a carta Suprimentos ela pede para atualizar os barris de cada casa, com isso você vai contar o n~umero de barris nos território com unidades e power tokens seus e aquele passa ser o seu número de barris até essa carta sair novamente.
5º Um/a Castelo/Fortaleza com um power token seu conta como seu para a trilha da vitória.
Quanto as outras dúvidas, vamos a elas...
2º As armas de cerco contam +4 quando recebem uma ordem de Marcha ou de Suporte contra um/a Castelo/Fortaleza. Qualquer outro momento (Marcha/Suporte contra áreas sem Castelo/Fortaleza ou defendendo quaisquer territórios) ela vale 0.
3º As alianças são no boca-a-boca. Quando jogadores se aliam, não altera nada nas regras sobre isso, ou seja, se um jogador entra no território do outro vai ter o combate e o outro jogado pode entender isso como uma traição...
Espero ter tirado suas dúvidas e bom jogo...