Em Seas of Havoc, os jogadores assumem o papel de um capitão único de um navio em um jogo de combate naval onde os jogadores competem pelo maior renome. Os jogadores podem ganhar fama por descobrir naufrágios e combatê-los em alto mar.

O jogo é dividido entre uma fase de combate em alto mar e uma fase de ilha onde os jogadores enviam seus esquifes para alocações de trabalhadores para obter recursos, melhorar seus decks, reparar e atualizar seu navio. Durante a fase de combate, os jogadores jogarão uma mão de cartas para manobrar seu navio; navegando em obstáculos, procurando naufrágios e disparando canhões contra seus oponentes. As cartas multiuso oferecem opções à medida que a batalha se desenrola e os bônus de cartas recompensam o jogo inteligente.