No Prime Ordeal, dois ou mais jogadores se revezam no recrutamento de exércitos de um "Spawning Pool" (uma coleção virada para cima de cartas de Criatura e Bônus à qual todos os jogadores têm acesso) para se preparar para a batalha. Cada criatura tem um Nível de Poder, representado por um único número. Esses números são somados para formar o Nível de Poder Total de um jogador durante a batalha. À medida que o jogo avança, o mesmo acontece com o exército de cada jogador e o nível de poder total.

Para draftar (referido como "Criar" no jogo), os jogadores descartam combinações de cartas Prime de suas mãos na pilha de descarte de cartas Prime. Cada carta de Criatura ou Bônus apresenta um Custo de Criação, especificando a combinação de cartas Prime necessárias para criá-lo. O Custo de Criação pode apresentar qualquer combinação dos seguintes tipos de cartas Prime: Inseto, Mar, Pássaro, Réptil, Mamífero e Anfíbio. As próprias criaturas têm tipos que correspondem diretamente ao seu custo de criação. Os jogadores são encorajados a coletar criaturas que compartilham tipos para aumentar a sinergia e ter mais chances de adquirir cartas de bônus.

Depois que cada jogador faz um turno de Criação, a rodada termina com uma batalha obrigatória no estilo livre para todos. O nível de poder de cada jogador é comparado e aqueles com o nível de poder mais alto ou empatado vencem a batalha, enquanto cada outro jogador perde uma vida.

Os jogadores fazem draft entre cada batalha e o jogo continua até que apenas um jogador permaneça com alguma vida. A quantidade de Vida escolhida antes do jogo determinará a duração do jogo. Recomenda-se iniciar os jogadores com 7 (jogo curto), 11 (jogo de duração média) ou 13 de vida (jogo longo).

Este brawler estratégico baseado em cartas apresenta um design modular. O conjunto básico, Genesis, funciona como um jogo independente. Os jogadores podem comprar expansões e embaralhá-las diretamente no conjunto principal para mudar o jogo completamente. Os grupos podem decidir quais expansões incluir e quais omitir para uma experiência de jogo personalizável. O Prime Ordeal é tradicionalmente jogado como um vale-tudo; no entanto, seu design também acomoda o jogo em equipe.