No século 12 no Japão, os clãs Minamoto e Taira disputam o poder, enquanto o Imperador aposentado Go-Shirakawa joga seus rivais um contra o outro. Uma das três facções será triunfante para impor a ordem social. Na sombra desses poderes de elite, um esquema ninja explora o caos. Pilhagens, habilidades perfeitas, e intriga sutil são essenciais para o estabelecimento da honra. Quando a nova era nasce, um ninja vai florescer como Ninjato, a Espada Invisível da família governante.