LEVEL 7 [Omega Protocol] começa onde o LEVEL 7 [ESCAPE] parou. A instalação Bravo Subterra foi jogada no caos através das ações dos jogadores em [ESCAPE], e agora o governo enviou unidades de forças especiais altamente treinadas para encerrar as instalações e eliminar todo o restante na base.

Em [Omega Protocol], um jogador assume o papel do supervisor, enquanto 2-5 outros jogadores assumem o papel da equipe de operações especiais de elite. O papel do supervisor no jogo é controlar todos os habitantes alienígenas e os desafios que os jogadores enfrentam ao longo do jogo. Os jogadores tentam alcançar os objetivos baseados em cenários específicos, explorando um mapa que é no início e lutando contra as hordas de aliens que o Supervisor envia ao seu caminho.

A jogabilidade é baseada em torno de adrenalina, que é a moeda que os jogadores soldado usam para executar ações. Eles geram adrenalina fazendo coisas como mover, atacar e realizar ações especiais, como ativar um objetivo. Essa geração também tem um efeito negativo para eles ao transferir a adrenalina para o jogador Supervisor, que então usa para gerar aliens, criar novas ameaças, e ferir os soldados. Quanto mais ações dos jogadores das Forças Especiais, mais recursos o jogador Supervisor tem para trabalhar.

Personagens em [Omega Protocol] são representados por miniaturas, e cada Força Especial e caráter alienígena tem diferentes atributos, poderes, habilidades e equipamentos.