Le Fantôme de l'Opéra é um jogo para dois jogadores baseado no sistema de jogo de Mr. Jack - ou seja, o jogo é assimétrico onde o jogador revela os marcadores de personagens no tabuleiro que representa o adversário, com ambos jogadores se revezando em movimentar todos os suspeitos para alternadamente revelar e esconder informações.

Em Le Fantôme de l'Opéra, oito fichas de suspeitos estão nas dez salas de Opéra Garnier. Cada suspeito tem um motivo para impulsionar o cantor de ópera La Carlotta longe da produção, e no início do jogo, um dos suspeitos é determinado aleatoriamente para ser a verdadeira identidade do jogador Fantasma. O outro jogador é o investigador, e ele quer descobrir a identidade do Fantasma, se ele faz isso antes de La Carlotta fugir de Opéra Garnier, então ele ganha. Caso contrário, ele perde.

No início de cada rodada, oito cartas de suspeitos são embaralhadas e quatro delas reveladas. O Investigador move um suspeito e usa a habilidade única do suspeito, em seguida, o Fantasma move dois suspeitos, e o investigador move o suspeito final. O jogador Fantasma então revela se ele pode ou não pode causar um distúrbio na Opéra Garnier. Ele pode causar uma perturbação somente se ele está sozinho ou se ele está no quarto com o marcador de blackout. Se ele causar uma perturbação, o Investigador limpa todos os suspeitos que compartilham uma sala iluminada, se não, o Investigador limpa todos os suspeitos no escuro ou por conta própria. Depois disso, La Carlotta move um passo de fuga para cada suspeito que não foi declarado inocente (e um passo adicional se o fantasma criar uma perturbação).

Para cada rodada, quatro cartas suspeitas restantes são reveladas, e os jogadores novamente movimentam personagens e usam suas habilidades especiais, com o Fantasma jogando primeiro. O jogo continua até que um único suspeito não é inocente ou La Carlotta foge da França para a segurança de Milan.