Arrakis é um mundo desértico aparentemente morto e estéril, mas aqui se encontra o recurso mais importante da galáxia: a Especiaria. Sem ela, o transporte espacial é impossível, e os humanos ficariam isolados em pequenos aglomerados de planetas. A Casa nobre que controla Arrakis e a produção de Especiaria detém um grande poder. O Imperador concedeu Arrakis à Casa Atreides, mas depois conspirou para substituí-los por seus antigos rivais, a Casa Harkonnen. O Barão Harkonnen esmagou os Atreides em um ataque traiçoeiro e agora governa o planeta com mão de ferro. Mas Paul e Jessica, herdeiros da Casa Atreides, estão vivos e organizam uma rebelião com a ajuda dos formidáveis Fremen, os misteriosos habitantes das vastas regiões áridas de Arrakis.

Apenas uma Casa sairá vitoriosa dessa luta que se aproxima, enquanto a outra será esquecida nas areias do deserto. É nesta realidade sombria que os jogadores serão lançados em Dune: War for Arrakis.

Neste jogo de estratégia assimétrico, os jogadores lutam pelo controle do planeta, manobrando tropas como os Fremen, os Fedaykin e os temíveis Sardaukar, enquanto enviam colhedores de Especiaria para o deserto profundo, ousando desafiar os grandes Vermes da Areia. O jogo apresenta um sistema de dados de ação e diversas cartas de evento, permitindo que os jogadores recontarem a saga de Duna de forma diferente a cada partida.