É um tempo de grande distúrbio em Landsraad, a Casa Atreides não existe mais, destruída pela Casa Harkonnen no planeta Arrakis, também conhecido como DUNE. Mas, nesse caos, há uma oportunidade. Muitas pequenas casas agora estão em destaque, pois há uma lacuna na política do Império que precisa ser preenchida. O Imperador, a Guilda Espacial e a Irmandade Bene Gesserit estão à procura de seu próprio representante sombrio em Landsraad. E há rumores de uma outra facção de Fremen surgindo de Arrakis, liderada por um misterioso fanático religioso, Muad'Dib. Todos eles estão convergindo para o tabuleiro de intriga do Império, em busca de seu Emissário Sombrio.

Dune - Shadow Emissary é um jogo para 1 a 4 jogadores ambientado no universo de Dune, seguindo a linha do tempo entre os jogos Dune Imperium e Dune Uprising.

Os jogadores representarão pequenas casas travando uma guerra secreta em vários planetas e locais, usando seus agentes para enviar tropas para o conflito ou ganhar recursos.
O objetivo do jogo é vencer os conflitos e estabelecer seu domínio em vários locais até que você tenha o suficiente para acionar o final do jogo.
O jogador que somar mais pontos de poder político, cartas de local e tokens de casa é o vencedor.