Confesso que já pensei em fazer isso, por mais que é fácil jogar com vários personagens. Teria que testar mesmo. Acho que as possíveis soluções que você colocou são um começo para testar.

Olha, em algum lugar daquele Manual (ou foi no Zombicide 2?) eu li que o ideal seria um spawn de zumbi para cada dois personagens. No seu caso, teria só um Spawn por jogo (com exceção do Spawn colorido que abrirá conforme você ache o objetivo daquela respectiva cor, dependendo da missão, e do Spawn dos Necromantes).

Já joguei assim e deu certo. Joguei com 4 jogadores, 2 spawns e um extra verde, conforme determinava a missão. E já vi um vídeo no youtube de um casal jogando o Zombicide 1 com 2 personagens apenas. Eles usaram dois Spawns e se ferraram.

Se você vai jogar só com dois personagens, a dica é tentar colocar esse Spawn mais centralizado possível, não deixá-lo isolado, senão fica um pouco fácil pra vocês. Só lembre que, mesmo com apenas um spawn, a quantidade de zumbis que nasce dentro dos cômodos é igual de quando você joga com 6 personagens, então não vai ser muito fácil pra vocês, hein!

Não aconselho mudar a jogabilidade e os atributos dos personagens, mas a regra de ouro é: faça o que achar melhor e divirta-se! O jogo é seu.