Para quem teve a mesma dúvida, achei a resposta numa thread do BGG. Resumidamente: você não pode adicionar cartas à vontade da mesma forma que pode usá-las. A única forma de colocar uma carta é tampando os espaços de construção no mapa com o símbolo de bônus de armazenar. Então se você já cobriu os 3 bônus e usou uma das cartas armazenadas, só conseguirá armazenar novamente se conseguir descobrir o bonus e cobrí-lo novamente ou se usou uma habilidade que te deu o bonus sem cobrí-lo.