Não, ele não ganharia os pontos.
O Malandro ganha pontos por peças inimigas hostis removidas em BATALHA na qual o malandro participa como ATACANTE. Nenhum outro efeito de remoção de peças gera pontos por peça hostil removida.
Nessa situação, os únicos pontos que o Patife receberia seriam os pontos normais por construções e marcadores removidos, como qualquer outro.

Edit: Só pq vi que mais gente veio tirar a dúvida, preciso fazer uma correção. Na verdade os pontos são conseguidos por peça hostil removida numa batalha no TURNO do malandro. Essa diferença é importante, pois habilidades como a do malandro Vagrant (vagabundo), permitem que a batalha em seu turno aconteça sem a participação dele, ou com ele como defensor. Sendo ele quem remove as peças, também marcaria os pontos. Mas via de regra o que falei acima continua sendo verdade, pois geralmente em seu turno você é o atacante na batalha.