Acompanhando uma gameplay da 1a edição do jogo percebi que faltaram algumas explicações no manual novo. Ao conferir o BGG a Synapses disponibilizou um manual atualizado com informações que faltaram no manual da 2a edição. A versão da Galápagos veio faltando essas informações.
As regras interferem só nas partidas de 2 jogadores.
1. Alteração na página 5. Na observação sobre 2 jogadores.

Adição:
Texto em inglês: "If playing with 2 players, block the spaces marked with the icon shown on the Church and Customs Management boards with an Assistant of an unused color. They represent a 'dummy player'. The dummy player’s Assistants are taken into account during final scoring to increase competition for majority bonuses."
Tradução: "Em partidas com 2 jogadores, bloqueie os espaços marcados com o ícone nas placas da Igreja e Alfândega usando um Assistente de uma cor não utilizada. Eles representam um dummy player. Os Assistentes desse dummy player são considerados na pontuação final para aumentar a competição pelos bônus de maioria."
O que mudou: O manual revisado explica explicitamente como configurar e usar o dummy player para equilibrar partidas de 2 jogadores. Isso é falado mais para frente na pontuação, mas acrescentaram no começo do manual.
2. Alteração na página 10. Informação sobre o valor de produção do dummy player.

Adição:
Texto em inglês: "NOTE: In a 2-player game, the dummy player has a total Production value of 7,5."
Tradução: "NOTA: Em partidas de 2 jogadores, o dummy player tem um valor total de Produção de 7,5."
O que mudou: O manual revisado inclui uma nota técnica sobre o valor de produção fixo do dummy player, ausente no manual antigo. Portanto os jogadores podem ficar atrás na contagem de ponto, levando o segundo lugar ou ficar de fora dessa pontuação bônus se tiver menos de 7,5 pontos de produção.
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Notei apenas essas diferenças. Achei interessante essa nota sobre a pontuação do dummy no total de produção. Joguei a primeira partida em 2 sem essa informação.