Antes de mais nada, que bom que está curtindo o melhor jogo de todos os tempos 
Sobre sua postagem:
Quando vou prospectar uma localidade que esta conectada a outras com a trilha de jipe eu posso prospectar ambas desde que possua o robonauta correto para isso, digo o ícone da arma ou do jipe e ISRU suficiente, certo?
Correto, mas apenas para o robonauta do tipo jipe. Para um robonauta com o ícone da arma de feixe, ele pode prospectar em órbita múltiplas localidades adjacentes, mas não se o robonauta tiver pousado numa das localidades conectadas por trilha. Ver conceito "Adjacente" no Glossário:
"a. Trilhas de jipe: pontos conectados por linhas amarelas nunca são adjacentes, pois o horizonte limita o campo de visão"
Você pode se perguntar: "ah, mas se o foguete estiver naquele ponto de órbita de Marte (LMO), posso reivindicar com um robonauta de arma de feixe ISRU 3 aquelas duas localidades (Geleiras Subterrâneas e Cavernas de Arsia?"
Neste caso, também não. Porque Marte é uma Localidade Atmosférica (ver Glossário) e portanto, de acordo com o Regras-Base, seção I6a, segundo subitem (página 32), uma arma de feixe não pode prospectar uma localidade atmosférica à distância (ou seja, tem que estar pousada na localidade e só prospectará a própria). Para Localidades conectadas por trilhas de jipe e que não sejam Atmosféricas (exemplo: luas de Júpiter), este tipo de robonauta funciona normalmente à distância.
Agora, sobre a industrialização:
Se eu for colocar uma fábrica utilizando minha refinaria, eu posso colocar uma fabrica em todas as localidades que eu prospectei gastando somente essa uma carta nessa joga?
Não pode. De acordo com a secão I7 (Operações de Industrialização) do Regras-Base, página 32:
"Estas Operações permitem ao jogador construir uma fábrica em uma localidade onde ele já tenha uma Reivindicação não industrializada."
Então, não dá para queimar etapas. É preciso ter as cartas de refinaria e robonauta operacionais (ou seja, incluindo os Apoios) para CADA localidade reivindicada, gastando uma Operação por industrialização, sendo que as cartas devem estar na localidade propriamente (ou seja, Integradas)
Sobre construção de colônias, segue a mesma restriçao. Do Regras-Base, seção G3, página 19:
"É possível construir uma Colônia ao Desativar um Humano Integrado a uma de suas Fábricas que não possua uma Colônia..."
Portanto, não é possível uma carta de Humanos "se dividir" e criar múltiplas colônias conectadas ao mesmo tempo.
Ficou claro?