Todas as etapas do turno são checadas, e no caso de você chegar na fase 5 (fase de encontro) e não tiver inimigos na área de organização, você passa para próxima fase. Ao chegar na fase 6 (fase de combate) se você não tiver inimigos engajados, você passa por ela sem nada acontecer e posteriormente inicia-se a fase 7 (fase de renovação). Na prática você acaba "pulando" sim essas etapas, mas elas não deixam de existir, pois você pode usar as janelas de ações presentes nessas fases. Sabendo disso você pode fazer algumas jogadas interessante.
Espero ter ajudado.