Não, a mecânica do dragão voar não invalida a regra original de cada ordem de marcha só poder iniciar um combate.
Regra original:
"Ordens de Marcha são resolvidas durante a segunda etapa da Fase de Ação. Ao serem resolvidas, todas as unidades da área onde a ficha de Ordem foi designada podem marchar (ou seja, mover) para uma ou mais áreas adjacentes. Se as unidades em marcha entrarem em uma área com uma ou mais unidades inimigas, um combate é iniciado (porém, cada Ordem de Marcha dá início a somente um combate)"
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Expansão:
"When resolving a march order with a Dragon, it can either march normally or it can fly."
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O limite de um combate por marcha faz parte da resolução da ordem (ficha).
Tanto a escolha de marchar normalmente ou voar implicam obedecer as restrições da ordem.