Oi Leonardo. Tudo certo?
A regra da fusão/fissão tem a função de deixar o jogo mais amigável. Ela tem seu sentido temático, mas eu recomendo o uso apenas para mesas com jogadores iniciantes no hobby, para terem mais flexibilidade durante a partida. Mas respondendo diretamente, sim, você pode usá-la para qualquer aspecto do jogo, incluindo a atmosfera. Como disse, a ideia dela é ajudar os novatos, então ela serve em todo o jogo. Tematicamente, atmosferas podem ser formadas por vários elementos diferentes. A nossa aqui na Terra tem esses que o jogo mostra (e outros não presentes no jogo), mas na atmosfera de Venus, por exemplo, tem enxofre.
Asteroides também podem ser usados em qualquer custo do jogo, mesmo na atmosfera. Tematicamente, todos os elementos do jogo são como meteoritos, asteroides pequenos. São elementos em formato gasoso ou rochoso que são capturados pela gravidade do planeta, tornando-se assim parte dele. O que eu chamo de asteróides no jogo, tematicamente seriam grandes rochas compostas por diversos elementos diferentes e, portanto, fica à escolha do jogador qual será o seu uso, o elemento mais abundante nele.