Tenho o Invader com a expansão e já vi jogarem o Dark Side.
Também fiquei na dúvida e o que eu ponderei foi o seguinte:
Invader pode ser adicionado a expansão Black Ops, ela se encaixa perfeitamente, todas as missões da expansão foram idealizadas unindo INVADER+BLACK OPS. (além de que na internet tem mais de 20 missões usando só a caixa do INVADER).
Dark side existe apenas as missões da caixa base (só achei uma a mais na internet =/) e outras 10 que vem no KS Extra que une a caixa base INVADER+DARK SIDE (Ps. não é fácil achar o KS EXTRA do dark side e o preço dele é o de uma caixa base do jogo)
Ou seja para jogar com as missões extras você teria que ter o INVADER e o DARK SIDE, além do KS extra.
Ponto FORTE do darkside pra mim são os Xenos, além de serem de outra cor, tem uma resistencia maior que os normais em determinadas condições.
É válido lembrar que Zombicide é um SandBox, você pode criar suas próprias missões e deixar a rejogabilidade infinita do game (fazendo ajustes é possível inclusive unir seasons diferentes!!), o que independe de ser invader ou dark side, porem se você não curtir criar o próprio jogo ai é melhor seguir as missões já existentes e sugeriria a caixa do Invader pelos motivos já citados.