Não, o Legolas coloca na localização ativa, se houver, e na missão, se não houver. O Legolas é ótimo porque, com ele, é possível viajar para uma localização, daí ele ajuda a matar alguma criatura, e a localização já é resolvida, sem perda de tempo.
Não lembro exatamente quais afetam direto a missão, usualmente são cartas que dizem para remover marcadores da missão.
Se a carta Protegida for liberada, normalmente não entra outra carta em cima dela, mas isso depende do texto na carta em si. É possível que uma carta Protegida que não for clamada, ou quando perdida, venha a ser novamente protegida.
Abs,