Bem, tentarei dar minha visão estratégica do jogo pelo que já analisei.
As formas de se marcar pontos se resumem à construção da pirâmide (construção propriamente dita e decoração), alameda dos mortos, coleção de máscaras e pontuação pelo degrau mais alto dos templos.

1) Construção da pirâmide: os pontos obtidos diminuem a cada eclipse, então no começo é bom, mas depois perde valor. Por outro lado, construir os níveis mais altos da pirâmide proporcionam mais pontos de vitória, mas não pontuam no final dos eclipses.

2) Alameda dos mortos: a pontuação também vai caindo a medida que mais mortos vão sendo sepultados.

3) Templos: A pontuação obtida ao alcançar os últimos degraus só conta na pontuação final.

4) Coleção de máscaras: deixei essa por último pois acredito ser a melhor estratégia a se seguir. São pontuadas a cada eclipse e não diminuem sua pontuação, e pode-se criar mais de uma coleção.

Tentei a estratégia de coletar máscaras na minha última partida e saí com a vitória, mas apenas 6 pontos a mais que o segundo colocado que focou na pirâmide. Isso só reforça o que você falou no final, que é um jogo aberto e com possibilidades variadas.

Ah, e só jogo com a variação dos tabuleiros e tecnologias, ok?

Também ganhei minha partida com o set das máscaras. Fiz a pontuação cheia no 2º e 3º eclipse.
Já a pirâmide ajudei muito pouco: três peças e nenhum degrau/decoração.

Honestamente não acho nada punitivo. Acho que premia sim quem consegue enxergar estratégias a longo-prazo e se  aproveitar de janelas de oportunidades curtas que dão muitos pontos,  deixando talvez alguns novatos pra trás. 
A pontuação das máscaras inclusive  acho a mais fraca visto que é muito situacional, eu dificilmente vou atrás delas. O quarto trabalhador é legal, mas já ganhei várias vezes sem e já vi muitas outras pessoas ganharem também, não acho essencial pra vitória não. Já as tecnologias sim, acho excelente se pegas no começo do jogo, mas de nada valem se pegas pro fim.

E pra mim essa é a beleza desse jogo: não tem uma estratégia vencedora ou claramente melhor que a outra. Todas podem te levar à vitória, mas é necessário analisar cuidadosamente o que vai mais te beneficiar em cada jogo.