Reli o manual e todos os posts dessa dúvida, e meu último comentário (que apaguei pra não causar muita confusão) tinha um errinho comprometedor. Então aqui vai meu ponto de vista revisado e atualizado:
Página 7 do manual:
3. Cada jogador só pode construir um Módulo de Habitação (MdH) e* uma Estação de Pesquisa (EdP) dentro da mesma colônia.
4. Uma colônia pode ter, no máximo, dois Módulos e/ou duas Estações dentro dela, mas de jogadores diferentes
*no manual tem "ou", mas foi lançada uma errata e o correto é "e".
Destrinchando 3: Um jogador pode construir um MdH e uma EdP. Ele não pode construir 2 MdH ou 2 EdP de forma alguma.
Sonares são limitados a 1 por colônia, independente do jogador, e Centos de Comando a 1 por nível de profundidade.
Então um jogador pode ter uma colônia inteira dele, com um MdH, uma EdP, um Sonar e um Centro de Comando. O que não pode são 2 MdH ou 2 EdP.
Destrinchando 4: Uma colônia pode ter 2 MdH, ou 2 EdP, mas não 3 de uma ou de outra. Uma colônia pode estar totalmente ocupada com 2 MdH e 2 EdP, mas cada jogador pode ter no máximo 1 de cada uma dessas construções, Essas 4 construções podem pertencer 1 de cada jogador, um jogador pode ter 1 EdP e 1 MdH, enquanto 2 outros jogadores podem ter uma das outras estruturas cada, ou dois jogadores podem ter na mesma colõnia 1 MdH e 1 EdP cada.
Então, sobre ocupar Módulos de Habitação desocupados, um jogador só poderá fazer se ele não tiver outro MdH na mesma colônia. Ele poderá ocupar sem problemas se possuir apenas uma Estação de Pesquisa.
O jogador pode alegar que ele não construiu aquele MdH que ficou vazio, logo, podendo construir seu próprio MdH e depois tomando um vazio de outro jogador. Mas acontece que o jogo não tem formas de distinguir quem construiu cada estrutura. Tanto que os Sonares e Centos de Comando são cinzas justamente pq depois de construídos não faz diferença quem o fez. A única forma de saber quem construiu um MdH é pelas cores dos marcadores de habitantes que tem nele. Então se um MdH ficar desocupado e outro jogador tomar posse dele, numa partida mais adiantada ficará impossível de definir quem construiu aquele módulo (sim, você pode anotar um caderno, mas isso é um recurso seu, e não um recurso do jogo). Pode acontecer de um jogador que já tenha construído um MdH tome outro na mesma colônia, e, para todos os efeitos, um módulo com habitantes seu foi construído por você. De outra forma, não seria possível transferir habitantes para esse módulo, já que a Comandante deixa claro que a transferência é feita pra módulos que você construiu.
Então, resumindo, assuma que um modulo ocupado por seus habitantes foi construído por você. O item 4 das observações do Engenheiro e a descrição da habilidade da Comandante reforçam essa ideia. Portanto, você não pode tomar posse de um Módulo de Habitação desocupado na mesma colônia em que você já tenha um MdH.
