Na verdade o manual diz que você COBRIR o último Deus acima de Apolo, não substituí-lo. Nesse caso entendo que deva tratar esse Deus como tendo entrado em jogo nessa rodada, mas uma FAQ no BBG fala em substituir, então não esta 100% claro para mim. Se alguém achar uma resposta definitiva, favor postar aqui.
Update: Dei uma olhada nos FAqs e threads do BBG e me parece que é isso mesmo: O Deus que Hades cobriu é tratado como se estive ativo no ciclo anterior, então em um jogo com 2-4 jogadores é possível que um Deus fique 2 rodadas sem aparecer, mas não afeta partidas com 5 jogadores.
Referência: https://boardgamegeek.com/article/8217162#8217162