Em um futuro distante, a humanidade se tornou parte de um Conselho Galáctico de natureza precária, formado por raças de alienígenas abomináveis que vigiam uns aos outros com incredulidade e desdém. O Conselho foi adiado em uma reunião que deixou os membros... em desavença, para não dizer mais. Você assume o papel de um comandante de uma pequena força de ataque representando sua raça e sua causa em uma arcaica estação espacial na órbita da Terra. Equipado com armas únicas e estranhas, habilidades de efeito extraordinário e a sorte do dado, você irá batalhar com outros jogadores e os perigos à bordo da estação em uma corrida para completar suas missões e alcançar a vitória.

Em Xenofaction você irá controlar uma de várias raças alienígenas, com 3 esquadrões à disposição. Cada um com armas, habilidades e estilos de jogo únicos. O tabuleiro é composto de um grid hexagonal que torna o movimento fácil e fluido. Além do movimento, o alcance das armas também é baseado nos hexágonos. O andamento do jogo é fluente e tranquilo, com cada unidade completando suas ações antes de avançar para a próxima. Os jogadores se alternam movendo suas unidades pela estação e realizando ações quando necessário ou desejado, e entre o turno de cada jogador um outro terá a chance de controlar as unidades da estação, atuando como uma espécie de pseudo I.A. Cartas de ação são utilizadas para criar eventos únicos e estimular táticas, assim como itens úteis e bônus para unidades.

A vitória é alcançada simplesmente ganhando pontos de vitória suficientes. Os pontos são ganhos completando algumas tarefas. Primeiramente existem missões universais, ativas para todos os jogadores, que você pode completar. Cada missão só pode ser feita uma vez por jogador, mas completar uma missão não impossibilita que outros também a completem. Além das missões, cada unidade que você mata ou destrói concede pontos de vitória.