Durante 200 anos, os Cavaleiros Templários foram uma força política e econômica poderosa, ajudando a moldar a Europa durante a Idade Média. Fundada para proteger os peregrinos em suas viagens para a Terra Santa, os "camaradas de armas pobres de Cristo e do Templo de Salomão" acabaria por crescer em uma rede de fortalezas ("Comendas") em todo o mundo cristão, onde os cavaleiros inexperientes foram treinados e bens de comércio podem ser gerenciados e trocadas. Por 1307, os "pobres camaradas de armas" foram uma das organizações mais ricas da Europa: e que atrairia os olhos cobiçosos do rei francês.

Em The Mystery of the Templars, os jogadores tornam-se os mestres dessa organização secreta. Eles devem ceder os seus cavaleiros para a tarefa crítica de escoltar os peregrinos, mas também para buscar e descobrir artefatos perdidos há muito tempo da tradição cristã. Usando as suas participações na Terra Santa, eles adquirem bens comerciais valiosos, que devem, então, ser transportados para os mercados de fome da Europa, usando os lucros para expandir a participação da Ordem. Mas ao longo do caminho bandoleiros e piratas ameaçam o fluxo de bens e riquezas, e devem ser contestadas por cavaleiros valorosos para proteger as caravanas preciosas e navios comerciais. Para ser bem sucedido, os jogadores devem equilibrar as necessidades do comércio, desenvolvimento e batalha.

Com o tempo, os poderosos inimigos dos Templários vão atacar, dando início à perseguição que irá, eventualmente, causar a destruição da Ordem. Nesses últimos dias de desespero, os jogadores devem fugir de suas Comendas com toda a riqueza e as relíquias que puderem levar, em busca de refúgio nos cantos mais remotos do mundo. O jogador que pode gerir melhor os recursos da Ordem durante os dias de riqueza, e quem pode resgatar as relíquias mais importantes da perseguição, será o vencedor no mistério dos Templários.