O Projeto Manhattan - segundo estágio, consiste de quatro pequenas expansões que podem ser adicionados ao jogo base, individualmente ou em conjunto.

*Nações 2 (Nations 2), é como a expansão Nation, lançada anteriormente, cada jogador recebe uma carta que representar um país e obtém uma habilidade única. Sete novos países e habilidades estão presentes.
*Tecnologia de foguetes, permite que você construa uma fábrica de foguetes durante a fase de projeto de bombas. Os foguetes funcionam exatamente como os bombardeiros, mas os caças não podem abatê-los.
*Tecnologia bomba-H atualiza a fase de projeto de bombas. Permite a um jogador escolher uma carta-bomba durante a ação de projeto de bomba, você pode escolher colocar uma carta-bomba no final do deck de bombas, e pegar a carta da Bomba H, que agora está no topo do deck, e colocá-la em sua mão . Para construir a bomba-H, no entanto, o jogador precisa de lítio, que vem das novas cartas que funcionam como as minas no jogo base.
*Personalidades, acrescenta sete personagens para o jogo baseado em indivíduos reais que contribuíram para o Projeto Manhattan. Cada vez que você recuperar seus trabalhadores, você irá selecionar um personagem diferente. Cada personagem irá lhe proporcionar benefícios até o próximo turno.