A segunda expansão de The Legend of Zelda: Clockwork Realm - Shards of the Triforce - completa a estrutura de três fases do jogo, adicionando uma nova Fase de Chefe ao final de cada nível. Enquanto antes os heróis eram considerados vitoriosos em uma masmorra apenas por chegarem à Sala do Chefe, agora eles precisam enfrentar um temível chefe para obter os Fragmentos da Triforce necessários para derrotar Ganon. E o desafio final ficou ainda maior com a adição do próprio Ganon como o chefe final que os heróis devem enfrentar para vencer a campanha!

Os jogadores ainda utilizam todos os recursos que coletaram ao longo de suas aventuras - Habilidades, Itens e Tesouros - mas desta vez precisarão usá-los para manipular as cartas de Ação do Chefe, que determinam como os heróis e o chefe se atacam. As cartas de Ação do Chefe são de três tipos: Ataque, Esquiva e Expor, e somente selecionando as cartas corretas a cada rodada - maximizando o dano ao chefe e minimizando o dano aos heróis - é que os heróis conseguirão a vitória.