Teenage Mutant Ninja Turtles: Shadows of the Past é um jogo de campanha orientada por cenários que apresenta o conteúdo da história de quadrinhos das Tartarugas Ninjas. Assumindo o papel de sua tartaruga favorita ou do vilão Destruidor, os jogadores batalham através de uma série de missões de 60-90 minutos em que se desenvolvem os pontos fortes de seus personagens, estilos de luta e equipamento ao longo do caminho para criar um arco de história duradoura. Personagens favoritos dos fãs como Casey Jones e Alopex aparecem ao longo das missões enquanto as Tartarugas chamam seus aliados mais próximos para ajudar na luta contra os seus inimigos mortais.