Star Trek CCG 2ª edição é uma reinvenção do jogo de cartas personalizável original de Star Trek. Uma grande diferença na Segunda Edição foi a adição de um sistema de custos para equipamentos, eventos, pessoal e navios. O custo de um cartão é listado no canto superior esquerdo de um cartão, imediatamente antes do título do cartão como um número de um dígito (atualmente em qualquer lugar de 0 a 9). Um jogador recebe sete 'contadores' no início de cada turno; para jogar uma carta, o jogador deve gastar um número de contadores igual ao custo da carta. Apenas interrupções (dos tipos de cartas no baralho de um jogador) não têm custo e são tratadas como custo 0. Outra grande mudança na jogabilidade da Segunda Edição foi o novo método de lidar com dilemas. Em vez de usar o longo procedimento da Primeira Edição de uma 'fase semente', que pode durar mais de 15 minutos, a Segunda Edição emprega um método 'on-the-fly' para construir combinações de dilemas. Enquanto a Primeira Edição tentou às vezes representar literalmente instâncias do universo de Star Trek no jogo, a Segunda Edição concentrou-se mais na consistência da jogabilidade como prioridade sobre a consideração do design em relação a permanecer fiel ao material de origem. Efeitos em cartas às vezes não têm o "sentido de Jornada" que as cartas da Primeira Edição continham e podem ser puramente conceituais, mas geralmente são muito mais equitativos quando comparados com outros efeitos de custo similar.