Quatro a seis agentes de 2º nível podem jogar (embora os desafios da série e as recompensas de XP sejam escalonados para que a série possa ser jogada por até seis agentes de níveis 7, 12 ou 17 também).

A célula sombra da Franquia em que os agentes se infiltraram requer financiamento para atingir seus objetivos nefastos, e seu líder – que os agentes aqui descobrem é chamado de “A Inteligência Mestre” – tem um plano. Seus especialistas em P&D criaram o “Nó Nexus”, um dispositivo capaz de assumir o controle dos sistemas de computador, comunicação e energia de uma instalação. Este dispositivo tem pontos fracos significativos – deve estar a menos de 15 metros dos sistemas de controle do alvo, requer energia substancial e requer os códigos de comando da instalação. Todos esses obstáculos, exceto um, são facilmente superados.

No início desta série, o Nexus Node já foi contrabandeado para a Estação Espacial Internacional (ISS) e instalado. Ele drena a energia da estação e, uma vez transmitidos os códigos de comando corretos, entregará a plataforma orbital nas mãos da célula sombria, permitindo que a Inteligência Mestre a resgate aos seus antigos governos controladores.