Shadow Throne acontece no império de Aclysmian, onde o rei e sua família real estão divididos numa guerra civil. O Rei Kyro quer manter-se no poder por quaisquer meios necessários e sua esposa, a Rainha Eleftheria, juntou-se a rebelião do povo conquistado. A filha deles, a princesa Beatus, rejeitou ambos os pais e juntou-se a causa da Igreja.

Os jogadores, como membros de uma sociedade secreta, tem grande poder de influência sobre Aclysmia, mas seu trabalho não é acertar as coisas. Eles apenas desejam estar do lado vencedor quando a guerra acabar. Através de alianças maquiavélicas e determinando o desfecho de batalhas crucias, eles ganham influência para quando a guerra finalmente acabar.

Shadow Throne é jogado através de diversas batalhas. Para começar cada batalha, os jogadores tem o controle de personagens de facções antagônicas ao pegar uma mão de cartas. Em seguida, os jogadores simultaneamente jogam as cartas de suas mãos para determinar qual facção vencerá a batalha. O jogador pode trocar de aliança livremente jogando cartas de qualquer facção. Após a batalha ser encerrada, a facção com mais poder vence, e os jogadores que jogaram cartas daquela facção coletam pontos de influência. Assim que um jogador coletar uma determinada quantidade de pontos de influência,o jogo termina.