Em Shadow Agent, inspirado em jogos de vídeo como Splinter Cell e Metal Gear Solid, os jogadores assumem o papel de agentes sombrios de uma agência secreta não especificada, com o objetivo de se infiltrar em um local inimigo (base ou mansão) para realizar uma determinada missão. Os agentes não devem ser visto ou ouvido pelos numerosos guardas a pé ao redor do local, então eles devem esconder-se entre as sombras, esconder atrás de paredes e móveis, e acertar os inimigos por trás, ficar em silêncio o tempo todo.

No início do jogo, o jogador escolhe um máximo de cinco itens para ajudar com a atual missão. Na sua vez, o jogador ativo rola os dados de ação e executa duas das ações que pode ser mover, atirar, atacar corpo a corpo e curar. Além disso, um dado pode ser substituído por uma ação livre, que vai desde o uso de um inimigo como escudo, interagir com os locais até para ocultar o cadáver de um guarda morto.

Depois que um jogador exerce as suas duas ações, os guardas - que vêm em três tipos: verde, amarelo e vermelho - são ativados. Para cada tipo de guarda, um jogador rola um dado duas vezes, para todos os guardas desse tipo, em seguida, executa as ações em ordem. Ações vão desde mover 1-4 áreas, atirar, pedir ajuda (o que vai gerar outros guardas). Em mais detalhes:

- Guardas verdes: mover, atirar, e gerar outros guardas a uma taxa média.
- Guardas amarelos: atirar e gerar muitos outros guardas.
- Guardas Vermelhos: atirar muito e se mover rapidamente.

Assim que soar um alarme devido a um guarda gritando ou o cadáver de um guarda morto, todos os guardas são ativados com o dado vermelho, assim as coisas se tornam muito mais difíceis para os agentes de jogadores.