Baseado na quinta e última temporada do desenho animado, Samurai Jack: Back to the Past pega a missão do personagem principal de retornar a era antes do reinado de seu adversário, o demônio do mal Aku. Os amigos de Jack o acompanham ao longo de um caminho, composto por vários locais da série, para derrotar vilões e terminar com a maior honra. Vencer requer a utilização de aliados, atributos e armas enquanto protegem a sanidade de Jack, levando os jogadores a uma viagem imprevisível que espelha os episódios ricos em historia que são reverenciados por críticos e amados pelos fãs.