Em Rogue Agent, os jogadores controlam um agente que trabalha para a corporação sombria conhecida como "The Agency", criada para controlar a taxa de criminalidade de Rain City, que rapidamente ultrapassou as capacidades da força policial regular. Jogadores ganham o jogo obtendo mais poder sobre a cidade em uma corrida contra o sistema que cria uma cidade em que o crime e outros desafios esperam em cada esquina.

Cada rodada consiste em uma fase de ação, precedido por uma fase de manutenção. Durante esta fase de ação, os jogadores pontuam ao eliminar com sucesso os assassinos, transformar chefes do crime, e desarmando bombas de alta tecnologia que ameaçam destruir bairros inteiros. Através da investigação de áreas da cidade, os jogadores reúnem recursos que serão vitais para a sobrevivência. O posicionamento dos colaboradores nos diferentes locais ajudam os agentes a superar confrontos com bandidos. Enquanto isso, o esquadrão da polícia da cidade está quente em seu rastro, na esperança de conter os trabalhos laterais ilegais que os agentes são conhecidos. A Agência, no entanto, tem suas próprias defesas aéreas para suporte.

Os jogadores podem explorar locais em busca de recursos valiosos que irão ajudá-los a melhorar suas habilidades, para obter mais controle sobre os desafios no jogo. À medida que o jogo se desenvolve, agentes podem melhorar suas habilidades com veículos e armas, bem como recolher informações sobre as verdadeiras identidades dos outros agentes. Pode haver traidores dentro da Agência. Alguns de vocês podem ser agentes androides, secretamente planejando uma revolta. Através de uma cuidadosa investigação, os jogadores podem coletar informações sobre a verdadeira identidade de outros jogadores. Conforme o jogo avança, traidores entre os agentes podem ser revelados na forma de Androides. Estes agentes têm acesso a novas condições de vitória - destruindo locais-chave que contém informações sobre a produção de androides e eliminando os agentes humanos - em uma corrida mortal para o controle da cidade. O primeiro jogador a atingir oito pontos de poder vence.

Rogue Agent é um rápido e fácil jogo de aventura e gerenciamento de risco utilizando uma mecânica de dados ícone aerodinâmica e um sistema vivo da cidade, que cria um tabuleiro dinâmico, com personagens e desafios em constante movimento, criando situações únicas em cada jogo.