Phantom Division é um jogo totalmente cooperativo de combate tático ambientado em um mundo de ficção científica repleto de perigo iminente. Os jogadores escolhem um membro da força de defesa de elite Phantom Division e são enviados em uma missão para proteger um planeta colônia remoto contra um inimigo desconhecido e implacável. O jogo apresenta um sistema de IA inovador e desafiador que controla os inimigos de forma eficiente, diferentes objetivos primários e secundários para cada missão e "reviravoltas" que podem introduzir eventos inesperados durante a partida.

O combate pode ser resolvido jogando dados ou com o sistema opcional de “flicking” (peteleco) das balas dos Phantoms. Também inclui diversos mini-jogos nos quais os jogadores pilotam naves, invadem terminais de computador e desarmam bombas. Ao final de uma missão, os jogadores terão a oportunidade de aprimorar seus Phantoms para a próxima missão usando os pontos de experiência coletados.

O jogo suporta de 1 a 4 jogadores, com suporte total para partidas solo.