PROTEUS, a primeira expansão para Netrunner, também conhecida como v2.1, foi lançada 5 meses após o lançamento inicial do Netrunner. Ele adicionou algumas mecânicas interessantes para diversificar o jogo:

Corredores e alguns Black Ops agora podem fazer com que a Corp acumule os chamados contadores de "Publicidade Ruim". Esses contadores funcionavam como pontos de agenda, pois não podiam ser removidos uma vez que você tivesse um - mas, ao contrário dos pontos de agenda, ter 7 deles faria com que a Corp perdesse o jogo.

Os corredores receberam um novo tipo de recurso que agora dava aos corredores uma vantagem que apenas a Corp tinha: "Recursos ocultos" entrariam no jogo com a face voltada para baixo e não seriam visíveis para a Corp até que sua habilidade fosse usada; normalmente, isso envolvia destruir o Recurso.

Algumas coisas também foram atualizadas para a Corp. Muitos cartões ICE apresentavam habilidades que permitiam que o ICE se tornasse mais poderoso à medida que as coisas se desenvolviam no jogo - e com "World Domination", a Corp agora poderia vencer o jogo com uma única Agenda.

As cartas Proteus eram vendidas em Boosters de 15 cartas e hoje são raridades, procuradas por muitos colecionadores devido ao seu volume de impressão limitado.

Sinopse oficial da editora na parte de trás da caixa:

Durante anos, o forte de dados ficou ocioso, abandonado por uma guerra corporativa. Quando Max Forward levantou seu endereço, ele esperava uma moleza: o forte era velho, não monitorado. Mas não é todo dia que um Runner enfrenta um experimento revolucionário de segurança...

Descubra o produto da nova tecnologia que Forward trouxe à tona: gelo capaz de se transmutar em contramedidas completamente diferentes; quebra-gelos inteligentes que podem reescrever seu próprio código. Proteu. Seja você Runner ou Corp, espere algumas mudanças.