Com um conjunto de cartas de selos que os jogadores têm na mão, eles poderão aprender novos jutsus disponíveis na mesa e executá-los para atacar ou se proteger dos seus oponentes. Um novo jutsu aprendido pode ser usado pelo Genin ao longo da partida, lhe possibilitando fazer vários combos de habilidades para atacar ou se proteger das mais diversas formas dentro do jogo.

Genin é um jogo para 3 à 6 jogadores, com um tempo médio de 30 minutos e com mecânicas de seleção de cartas e deck build. Cada jogador tem como objetivo principal aprender a maior quantidade dos mais diversos jutsus do mundo ninja, enquanto confronta os outros alunos nessa mesma busca. Quem entre todos os novatos vai conseguir aprender a maior quantidade de Jutsus entre os Genin e subir o seu posto para se tornar um Chunin?