O imperador enlouqueceu e acredita que existem traidores por todo seu Império. Por isso, deu ordens específicas para cada clã poder provar sua honra. Para o Samurai, decretou que todos são inimigos e devem morrer. As espiãs devem investigar os Daimiôs em busca de informações sobre quem é realmente o traidor. Os ninjas devem invadir as cidades inimigas e ficarem a postos, esperando a ordem de ataque do Imperador. E os Edificadores devem construir um refúgio para sua majestade, caso o império caia em consequência de uma traição. Uma grande guerra está para começar e no final, só o vencedor, aquele que for o mais honrado, escapará da ira do imperador louco.

Monges Voadores é um jogo assimétrico de combate, onde cada clã possui objetivos e habilidades específicas. Ou seja, os jogadores terão metas e modos de jogar diferentes, mas com um objetivo final igual: conquistar mais pontos de vitória ao longo de 4 rodadas.