Estudantes mágicos impertinentes usam feitiços para branquear os ingredientes alimentares necessários para os pratos de hoje à noite, interrompendo o chefe de cozinhar o jantar. O pobre chefe não pode desfazer os feitiços porque sua visão é borrada, então os elfos de cozinha precisam usar poções mágicas para voltar a tingir os ingredientes branqueados e tentar protegê-los de mais ataques dos estudantes impertinentes.

Em Magi Kitchen, cinco ingredientes de madeira são colocados no meio da mesa e as oitenta cartas são distribuídas igualmente entre os jogadores; cartas indicam um item alimentar branqueado (isto é, uma cenoura branca, pepino branco, etc.), um corante, uma lata de lixo, ou um estudante.

Em um turno, um jogador vira a carta do topo do baralho de compra e coloca-a em sua pilha mágica pessoal. Se tanto um ingrediente branqueado e a poção de cor correspondente são visíveis em pilhas mágicas dos jogadores, então os jogadores competem para pegar o ingrediente de madeira adequado; quem faz isso reivindica as pilhas mágicas que mostram esses itens e coloca-os sob sua pilha de compra. Se uma poção mágica do arco-íris é revelada, então ele combina todos os ingredientes branqueados mostrados em pilhas de magia e os jogadores podem pegar qualquer um deles. Se uma mágica com lata de lixo é revelada, os jogadores correm para cobrir uma pilha mágica que mostra um ingrediente branqueado, protegendo-o, assim, de fazer o seu caminho para o lixo; como recompensa o jogador coloca a pilha mágica sob a sua pilha de compra. Finalmente, se uma carta de estudante impertinente é revelada, todos devem correr para executar o gesto mágico mostrado na carta; quem for o último a fazê-lo deve manter esse gesto até a próxima carta de estudante ser comprada.

O jogo termina quando um ou dois jogadores acabarem suas cartas em suas pilhas de compra, e ganha quem tem a maioria das cartas de vitórias. Magi Kitchen inclui regras avançadas em que o jogador ativo, antes de revelar a sua carta, decide se quer jogar em sua própria pilha mágica ou a de seu vizinho esquerdo ou direito.