Em Lighthouse Run, você controla um conjunto de cinco veleiros enquanto eles correm ao longo da costa, de farol em farol. Infelizmente, a companhia do farol é insuficiente, com apenas três trabalhadores para manejar os seis faróis. Para piorar a situação, uma tempestade está chegando ao litoral. Você tem que gerenciar qual dos três faróis serão ligados a qualquer momento para mover seus veleiros. Alguns movimentos ajudarão todos os jogadores, enquanto outros ajudarão somente você. Até onde você conseguirá levar veleiros antes que a tempestade te pegue?

Mais detalhadamente, cada jogador tem um baralho de quatorze cartas idêntico. O jogo é jogado em doze rodadas, e em cada rodada um jogador tem uma mão de três cartas. Cada turno, o jogador joga uma carta para mover um número de barcos, alguns deles próprios e outros pertencentes a outros jogadores. Os cartões também ajustam quais faróis são acesos e os barcos só podem se mover se o farol que eles estiverem se aproximando estiver aceso. No final de cada rodada, a tempestade se aproxima dos barcos no tabuleiro. Qualquer barco apanhado pela tempestade está fora do jogo e marcará pontos pelo último farol que foi passado. O jogo termina quando a tempestade chega ao porto no final da décima segunda rodada. Os jogadores adicionam os pontos ganhos para cada um dos seus barcos e os maiores ganhos totais.