Você é um time de humildes robôs de manutenção construídos para manter a estação espacial operacional e limpa para que os colonos podem continuar com tudo o que eles fazem. Infelizmente, a estação foi invadida por Creeps, criaturas alienígenas que lentamente avançam em direção a comida (os colonos), para que possam se multiplicar. A única coisa que impeça os colonos de serem completamente dizimados é o seu conhecimento da estação, um par de ferramentas especiais e habilidades únicas para cada um de vocês, e um pouco de código de resolução de problemas instalados para que você possa fazer o seu trabalho de forma eficiente.

Jupiter Rescue é um jogo de estratégia de cooperação em que os jogadores trabalham juntos para escoltar 28 colonos a uma cápsula de escape antes de serem convertidos em Creeps alienígenas. Cada turno, os jogadores podem assumir cinco ações, escolhendo entre as opções comuns - mover-se, mover colonos próximos, ou matar Creeps alienígenas - e uma série de cartas de programação que lhes concedem habilidades especiais. Estas cartas podem ser reproduzidas na vez do jogador para ativar a habilidade. Cada jogador também recebe a escolha de uma carta para ser a sua capacidade principal, podendo usá-la a cada passo, em vez de descartá-la.

Novos Creeps são adicionados ao tabuleiro, que é composta por placas, no final do turno de cada jogador rolando um dado; se uma placa se enche de Creeps, é destruída e removida do jogo. Jogadores perdem se colonos suficientes se transformaram em Creeps, ou se certas placas chave de tabuleiro são destruídas. Placas de dupla face permitem centenas de variações da estação.