O objetivo de cada agente em Inkognito é completar a missão, junto com seu parceiro. No início do jogo, no entanto, os jogadores não sabem que a missão que devem cumprir!

No jogo de quatro jogadores padrão, cada jogador conduz um dos quatro agentes secretos. Os quatro personagens são aliados em pares: Senhor Fiddlebottom e o coronel Bolha estão sempre em parceria contra Agente X e Madame Zsa Zsa. Cada um dos quatro agentes é representado por uma das quatro figuras diferentes, com diferentes versões: o gordo alto, o baixo e magro. Apenas um deles representa o personagem real controlado por um jogador. As outras três figuras representam os espiões que são amigáveis para ele e que estão tentando confundir os adversários.

Em um turno, um jogador sacode o Fantasma da Profecia para determinar seus três ações disponíveis, por exemplo, movendo-se em uma rota terrestre ou marítima. O jogador move suas figuras, tentando alcançar espaços já ocupados por figuras dos outros jogadores ou o Embaixador. Quando os valores estão em um mesmo espaço, o jogador atual recebe o direito de "fazer perguntas" e inspecionar alguns dos cartões de esse jogador. Por dedução e um processo lógico de eliminação, ele pode tirar conclusões sobre a identidade e as intenções dos outros jogadores.

O primeiro objetivo de cada agente é descobrir qual dos outros jogadores é o seu parceiro. Este parceiro tem a outra metade do "código", indicando sua missão secreta. Depois de descobrir (ou pensar que ele tenha descoberto) a verdadeira identidade dos outros jogadores, um agente deve trocar seu cartão de missão secreta com o seu aliado. Isto irá revelar a missão final e que deve ser feito para completá-lo. Se um agente com uma equipe completa a missão, ele e seu parceiro ganhar o jogo.

Há um outro personagem com um papel importante no jogo: o Embaixador. Ele pode ser usado para obter informações mais claras sobre os outros personagens. Todo mundo quer conhecê-lo, porque ele é bem informado e pode ser útil para realizar seus propósitos, mas ele também pode ajudar seus rivais, para fazer tudo o que puder para mantê-lo longe deles.

A versão 2013 do Inkognito de Ares Jogos levanta a contagem máxima de jogador para cinco, permitindo que alguém para jogar o embaixador e movê-lo durante o seu turno. Ele ainda pode reunir pistas quando os outros jogadores questionar o embaixador durante o seu turno, e os outros jogadores ainda podem reunir pistas dele. O objetivo do jogador do embaixador é saber tudo sobre os outros personagens, adivinhando suas identidades e constrói. Se o embaixador alcança "conhecimento perfeito" antes de uma equipe realiza suas missões secretas, ele ganha o jogo.