Flagship é um jogo de cartas sobre combate tático entre naves espaciais. As quatro raças galácticas são a Dinastia Heisenberg (azul), Seguidores de Freeman (verde), Orgulho da Nação (amarelo) e Enxame de Kirikin (roxo). Os dois primeiros estão disponíveis no jogo Prometheus Unchained, e os dois últimos aparecem na única expansão publicada, Flagship: Coyote Stands.

Em um cenário baseado em tática e escaramuças, cada jogador escolhe uma raça e utiliza um sistema de pontos para selecionar a sua frota, que deve incluir uma nave capitânea e um comandante. Cada jogador escolhe o modo de alinhar seus navios (por exemplo, em linhas, semelhantes às batalhas navais Moderna), e considera suas melhores opções de fogo: direto e abordagens, no intervalo de 1 espaço, ou orientados, na faixa de 2. O jogo termina quando uma das naves capitâneas de um jogador for destruída.
Há outros cenários disponíveis, com diferentes condições de vitória e formatos de jogos.