Fathoms é um jogo cooperativo de aventura com miniaturas onde um grupo de jogadores luta contra as hordas de monstros marítimos controlados pelo mestre do jogo. O modo de jogo foi desenvolvido para colocar os jogadores contra um ambiente em constante mudança com monstros em abundância e águas que entram através de brechas no casco. Os jogadores melhoram suas habilidades e equipamentos através de experiência. O jogo pode ser jogado através de campanhas com uma série de missões que criam uma história completa ou apenas como cenários curtos.

Fathoms começa com um jogador assumindo o papel de Mestre, enquanto os outros ficam com os outros personagens. Tanto o Mestre quanto os outros personagens ganham pontos de experiência no decorrer do jogo. Os jogadores usam essa experiência para melhorar seus respectivos personagens tanto para se beneficiar quanto para beneficiar o time e também para compra de equipamentos. O Mestre de Fanthoms usa a experiência ganha para soltar grandes terrores nos jogadores adversários, como monstros e eventos como furos no casco. Essa experiência pode ser usada entre missões ou armários de equipamentos. O Mestre ganha experiência sempre que prejudicar os adversários de alguma forma.

O tabuleiro funciona como uma grade e as regras para o campo de visão são simples. Cada jogador possui duas ações em seu turno e podem ser usadas como quiserem. Em qualquer ordem um jogador pode mover, atacar ou usar um item/habilidade/porta. A ordem dos turnos é determinada através da rolagem de dados para a iniciativa. Cada jogador possui uma miniatura que manobra pelos cômodos do tabuleiro e quando novos locais são abertos, o Mestre coloca unidades ali dependendo do número de oponentes que esteja enfrentando. Algumas dessas unidades são pré-determinadas e outras podem ser adquiridas com pontos de experiência, dando assim mais variedade. A cada rodada o Mestre segue a guia da missão para manter a partida evoluindo.