No universo de Fallen Frontiers diferentes facções lutam pelo controle de ambos os planetas e seus recursos estratégicos, a fim de proliferar em uma galáxia que contém inúmeros segredos. Os jogadores assumem o controle do exército de uma facção que pode ser moldado escolhendo tropas, personagens e cartas que melhor se adaptam ao seu estilo de jogo.

Fallen Frontiers é um jogo de batalha baseado em esquadrões de combate. Os esquadrões oferecem proteção e poder de fogo para os personagens. Personagens são os que definem o estilo de jogo por causa de seus atributos que alteram as características do seu plantel. Desta forma, cada pelotão age de forma diferente dependendo do personagem que os leva. No entanto, em Fallen Frontiers personagens não são super-heróis, eles são fracos e fáceis de eliminar, quando não estão com o seu esquadrão.

Além das miniaturas que representam o seu exército, os jogadores também terão um baralho de cartas montados por eles. A estratégia não é revelada no início do jogo, enquanto um jogador pode secretamente configurar o baralho de cartas que lhes permite mudar o estilo de jogo de tal modo que oponentes não serão capazes de adivinhar a sua estratégia à primeira vista.

As facções e as cartas usam de todos os recursos para realizar determinadas ações. Os principais recursos são moral e Krithium. Os jogadores ganham moral pelo cumprimento de metas e causando prejuízos para o exército de seu adversário, enquanto seu exército sofre o mínimo possível. Utilizar pontos de moral fará um exército mais poderoso, mas vai esgotá-lo no processo. Krithium é um recurso que deve ser recolhido durante o jogo. É a fonte de energia que aumenta armas e cartas de uma equipe. O jogador terá um arsenal, um baralho separado onde o equipamento é comprado pelo jogador, que pode ser usado durante o jogo e consome Krithium. O conteúdo do arsenal também é configurado pelo jogador como o baralho de cartas principal.