Em 1852, a Jornada WC64, lenda das cantigas urbanas, cidade com tecnologia de ponta, estrutura viva que se locomove apoiada sobre seis grandes hastes articuladas e pneumáticas, e que cruza mares e relevos, despreocupada com o sítio abaixo dela, inesperadamente aporta em Anacronia. Está em busca de mão de obra qualificada, mentes brilhantes e dispostas a se dedicarem a um projeto de pesquisa sobre o qual pouco detalharam. Como recompensa, os anacrônicos receberiam a hidrogênese, uma técnica que possibilita a criação de água a partir de partículas atmosféricas, essencial para garantir a perpetuação de uma população que vem sofrendo com a desertificação e a assolação de sua cultura ancestral, baseada na agricultura.

Vislumbrados com o extraordinário, os anacrônicos embarcam na Jornada WC64, confiantes na promessa e esperançosos com o porvir. Porém, ao serem assimilados pelas engrenagens que fazem esta grande estrutura movimentar-se dia e noite, desgastaram-se pela ação do tempo, corroeram-se pela desilusão, enferrujaram-se pelas precárias condições de trabalho. Até que um grupo de resistência steampunk surgiu como uma vanguarda, em busca da libertação dos anacrônicos.

Em Exodus Machina, cada jogador assumirá o papel de membro deste grupo e, através de muita estratégia, realizará ações pró resistência, recrutará sectários, realizará missões, obterá influências e informações privilegiadas, captará recursos, desenvolverá um plano de voo e conquistará patentes e reputação. O jogador também contribuirá com a construção do dirigível que levará o povo de Anacronia pelos ares da liberdade, enquanto foge da perseguição das implacáveis sentinelas. Entre para a história como o mártir ou o líder desta revolução e vença a partida.